「e5489」では、以下の列車や設備・経路はご予約いただくことはできません。

• ※予約操作時から6分以内に出発駅を発車となる経路・列車
• ※運休となった列車、長期にわたり不通となっている路線・区間
• ※新幹線、特急・急行列車などを5列車以上乗り継ぐ経路
• ※一部の短区間で特急・急行列車などを利用する行程（大阪～新大阪などの短区間では特急・急行列車は案内されません。）
• ※複数の特急列車などを通しの料金で乗り継げる場合で、その乗車列車が4列車以上となる経路
  （なお、上記における乗車列車が3列車以内であっても、四国内で列車を乗り継ぐ場合には、当該区間内に自由席を利用する行程またはグリーン車同士を乗り継ぐ行程はe5489ではご予約いただくことはできません。）
• ※途中駅から普通列車として運転される特急列車で、特急列車としての運転区間と普通列車としての運転区間を跨って利用する経路
• ※トワイライトエクスプレスやカシオペア、サンライズ瀬戸などの寝台列車（ご利用設備に関わらずご予約いただくことはできません）
• ※一部の駅の「みどりの窓口」でのみ取り扱う列車（「あさぎり」など）
• ※ライナー券・乗車整理券が必要な列車
• ※ひかりレールスターのオフィスシートや個室・ボックスシート・パノラマシート、女性専用席などの特別な設備
• ※博多南駅・姪浜駅をそれぞれ発駅または着駅とする経路
• ※大阪から和田山以遠方面へ、播但線を経由する特急「はまかぜ」に乗車する場合で、営業キロが201キロにわずかに満たない区間（大阪～竹野など）
• ※経路上に折り返し区間を含む行程
• ※乗車日をまたがってご利用になる場合で、0時を過ぎた後に特急列車などの指定席のある列車に乗り換える場合
• ※午前4時をまたがる行程
• ※「特急列車-普通列車-特急列車」など、指定席のある列車の間に普通列車が含まれる経路
• ※『「のぞみ」-「ひかり」-「のぞみ」』や、通しの料金で乗り継ぐ場合で『「グリーン車」-「普通車指定席」-「グリーン車」』といった、複数区間に加算料金（「のぞみ」料金、グリーン料金）が必要となる経路
• ※SLや、トロッコ列車など、季節により運転する列車は、ご予約いただくことができない場合があります。（SL北びわこ、SLやまぐち、奥出雲おろち、瀬戸大橋アンパンマントロッコなど）
• ※JR線以外の路線（一部の区間に限りご予約いただけます。）