全席禁煙です。
「特大荷物スペースつき座席」は、普通車指定席とグリーン車の最後部の座席です（ただし、11号車を除きます）。
喫煙ルームがあります。普通車は3号車（博多寄り）、15号車（博多寄り）、グリーン車は10号車（東京寄り）です。
こだま701・703・705号の土曜・休日の13・14号車は指定席です。また、平日〈土曜・休日を除く〉の13・14号車を指定席に変更する日があります。
こだま707・709・711・713・715・717・719・721・744・746・748・750・752号の13号車は指定席です。また、土曜・休日は14号車も指定席となります。
平日〈土曜・休日を除く〉の14号車を指定席に変更する日があります。
こだま723・767・708・712・722・724・726・728・730・732・734・736・738・740・742号の土曜・休日の13号車は指定席です。また、平日〈土曜・休日を除く〉の13・14号車を指定席に変更する日があります。
こだま725・727・729・731・733・735・737・739・741・743・745・747・749・751・753・755・757・801・803・805・700・702・704・706・710・714・716・718・720・754・760号の13・14号車を指定席に変更する日があります。
こだま761・763・765・807・809・811・813・815・762・764・766・768・800・804・808・820・822号の平日〈土曜・休日を除く〉の11・12号車は自由席です。また、土曜・休日は13・14号車を指定席に変更する日があります。
こだま806・810号はグリーン車を除き全車自由席です。
こだま802・816・818号の11・12号車は自由席です。
こだま812・814号の平日〈土曜・休日を除く〉はグリーン車を除き全車自由席です。ただし、土曜・休日は13・14号車を指定席に変更する日があります。
こだま771・780号はグリーン車を除き全車自由席です（グリーン券は車内でのみ発売します。特大荷物スペースの事前予約は不要です）。
一部の編成（N700S）については、全ての座席にコンセントを設置しています。
一部の編成（N700Sの一部）の11号車は車いす対応座席に加え、車いすをご利用のままご乗車になれる車いすスペースも設置されています。